Jedes Schülerforschungszentrum ist einzigartig. Die Stiftung Jugend forscht e. V. und die Joachim Herz Stiftung setzen sich daher nicht nur für die bundesweite Etablierung von Schülerforschungszentren, sondern auch für eine Vernetzung der Schülerforschungszentren untereinander ein.
Mit der Website www.schuelerforschungszentren.de geben die Partner den Schülerforschungszentren in Deutschland eine gemeinsame Plattform. Diese können sich hier kostenfrei der Öffentlichkeit präsentieren. Darüber hinaus finden sich auf der Website Informationen zur Gründung und zum Betrieb von Schülerforschungszentren.
Um die Vernetzung der Zentren zu stärken laden die Stiftung Jugend forscht e. V. und die Joachim Herz Stiftung einmal jährlich Akteure aus Schülerforschungszentren sowie Interessenten zu einer bundesweiten Netzwerktagung ein. Ausrichter ist stets ein anderes Schülerforschungszentrum, so dass die verschiedenen Möglichkeiten der Etablierung und Ausgestaltung vorgestellt werden und Erfahrungen direkt vor Ort ausgetauscht werden können.
Im zweijährigen Rhythmus wird zudem ein Konzeptwettbewerb ausgeschrieben, um die Neugründung von Schülerforschungszentren oder deren Erweiterung zu unterstützen.